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J-GLOBAL ID：200903088966142103

糖鎖構造の予測方法及び予測プログラム

Inventor：
伊藤 將弘

About 伊藤 將弘

, 
松室 有紀

About 松室 有紀


Applicant, Patent owner：
学校法人立命館

About 学校法人立命館


Agent (3)： 三枝 英二 ,  掛樋 悠路 ,  松本 公雄
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2006336632
Publication number (International publication number)：2008151514
Application date： Dec. 14, 2006
Publication date： Jul. 03, 2008
Summary：
【課題】 質量分析データを用いた糖鎖構造の予測方法及びプログラムを提供すること。 【解決手段】 MS/MSデータの所定ピークを基準として、質量が小さい側の所定範囲中のピークを選択する第1ステップ(S2)と、ピーク間の質量差を用いてデータベースを検索して得られた糖を接続して第1糖鎖を作成する第2ステップ(S2)と、複数種類の第1糖鎖の各々に関して、非還元末端糖を削除して第2糖鎖を生成する第3ステップ(S4)と、同じ非還元末端糖を複数含む第2糖鎖に関して、還元末端に最も近い非還元末端糖のみを残し、その他の非還元末端糖を削除して第3糖鎖を生成する第4ステップ(S4)と、第3糖鎖の各々において、非還元末端糖の非還元末端側に位置する糖を削除して第4糖鎖を生成する第5ステップ(S5)と、全ての第4糖鎖を対象として同じ順位に位置する同じ糖を1つのグループとする第6ステップ(S6)とを含む。【選択図】 図2
Claim (excerpt)：
分析対象の試料を開裂して質量分析することによって得られるMS/MSデータを用いる糖鎖構造の予測方法であって、 測定によって得られた前記MS/MSデータ中の所定のピークを基準として、該ピークよりも質量が小さい所定範囲に存在する複数のピークを選択する第1ステップと、 選択された複数の前記ピーク間の質量差を求め、該質量差を用いて糖の質量の情報を含むデータベースを検索し、検出された複数の糖を接続して第1糖鎖を作成する第2ステップと、 前記第2ステップで作成された前記第1糖鎖が複数種類ある場合、前記第1糖鎖の各々に関して、非還元末端糖を削除して第2糖鎖を生成する第3ステップと、 同じ非還元末端糖を複数含む前記第2糖鎖に関して、還元末端に最も近い前記非還元末端糖のみを残し、その他の前記非還元末端糖を削除して、第3糖鎖を生成する第4ステップと、 前記第3糖鎖の各々において、前記非還元末端糖の非還元末端側に位置する糖を削除して第4糖鎖を生成する第5ステップと、 全ての前記第4糖鎖を対象として、還元末端糖から数えて同じ順位に位置する同じ糖の全てを1つのグループとする第6ステップとを含むことを特徴とする糖鎖構造の予測方法。
IPC (1)：
G01N 27/62
FI (2)：
G01N27/62 V ,  G01N27/62 D
F-Term (10)：
2G041CA01 ,  2G041DA04 ,  2G041EA01 ,  2G041FA10 ,  2G041GA03 ,  2G041GA06 ,  2G041GA09 ,  2G041JA07 ,  2G041LA01 ,  2G041LA05
Patent cited by the Patent：
Cited by applicant (2)
  • 糖タンパク質構造解析手法
    Gazette classification：公開公報   Application number：特願2004-119336   Applicant：株式会社島津製作所, 大阪府
  • 糖鎖構造同定方法及び同解析装置
    Gazette classification：公開公報   Application number：特願2004-080611   Applicant：独立行政法人産業技術総合研究所, 三井情報開発株式会社, 株式会社島津製作所
Cited by examiner (6)
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