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J-GLOBAL ID：202002275803209553   整理番号：20A2760840

ニューロンIDデータセットはC.elegansの全脳活性イメージングのためのニューロンアノテーションを促進する【JST・京大機械翻訳】

Neuron ID dataset facilitates neuronal annotation for whole-brain activity imaging of C. elegans

著者 (15件)： Toyoshima Yu (Department of Biological Sciences, Graduate School of Science, The University of Tokyo, Tokyo, Japan) ,  Wu Stephen (The Institute of Statistical Mathematics, Research Organization of Information and Systems, Tachikawa, Japan) ,  Wu Stephen (The Graduate University for Advanced Studies, SOKENDAI, Mishima, Japan) ,  Kanamori Manami (Department of Biological Sciences, Graduate School of Science, The University of Tokyo, Tokyo, Japan) ,  Sato Hirofumi (Department of Biological Sciences, Graduate School of Science, The University of Tokyo, Tokyo, Japan) ,  Jang Moon Sun (Department of Biological Sciences, Graduate School of Science, The University of Tokyo, Tokyo, Japan) ,  Oe Suzu (Department of Biology, Faculty of Sciences, Kyushu University, Fukuoka, Japan) ,  Murakami Yuko (Department of Biology, Faculty of Sciences, Kyushu University, Fukuoka, Japan) ,  Teramoto Takayuki (Department of Biology, Faculty of Sciences, Kyushu University, Fukuoka, Japan) ,  Park Chanhyun (Department of Biological Sciences, Graduate School of Science, The University of Tokyo, Tokyo, Japan) ,  Iwasaki Yuishi (Department of Mechanical Systems Engineering, Graduate School of Science and Engineering, Ibaraki University, Hitachi, Japan) ,  Ishihara Takeshi (Department of Biology, Faculty of Sciences, Kyushu University, Fukuoka, Japan) ,  Yoshida Ryo (The Institute of Statistical Mathematics, Research Organization of Information and Systems, Tachikawa, Japan) ,  Yoshida Ryo (The Graduate University for Advanced Studies, SOKENDAI, Mishima, Japan) ,  Iino Yuichi (Department of Biological Sciences, Graduate School of Science, The University of Tokyo, Tokyo, Japan)
資料名： BMC Biology (Web)  (BMC Biology (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 1-20  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7046A  ISSN： 1741-7007  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 細胞同一性の注釈は,異なる動物にわたる神経活動を含む細胞の比較を可能にする神経科学における必須の過程である。Caenorhabditis elegansにおいて,ユニークな同一性はすべてのニューロンに割り当てられているが,無傷動物における注釈のないニューロンの数は,ニューロンの位置および同一性に関する定量的情報の欠如のために制限されてきた。ここでは,ニューロン同一性のアノテーションを促進するデータセットを提示し,全脳イメージングの包括的解析におけるその応用を示した。35の細胞特異的プロモーターを用いて311の成虫の頭部領域のニューロンを系統的に同定し,発現パターンのデータセットとニューロンの位置を作成した。注釈タスクの困難さを示す大きな位置変動を見出した。動物におけるほとんどの頭部ニューロンのアノテーションのために,異なる蛍光を駆動し,最適株を生成する細胞特異的プロモーターの多重組合せを調べた。また,全脳イメージングに必要なアノテーションを容易にするヒト相互作用機能を有する自動注釈法を開発した。ニューロンIDデータセットおよび最適蛍光株は,ヒト相互作用機能を含む完全自動化様式および半自動化バージョンの両方で,成体C.elegansの頭部領域におけるほとんどのニューロンのアノテーションを可能にする。本法は,利用可能な細胞タイプ特異的プロモーターの数とそれらの多様性が重要な考慮事項であるC.elegans以外の研究で使われる種に潜在的に適用できる。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 蛍光 ,  相互作用 ,  *ニューロン ,  動物 ,  ヒト ,  *画像処理 ,  多重化 ,  成体 ,  プロモーター領域 ,  神経科学 ,  成虫 ,  *アノテーション ,  神経活動 ,  C.エレガンス ,  桿線虫類 ,  無脊椎動物
準シソーラス用語： Caenorhabditis elegans ,  脳イメージング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： ニューロン同定 ,  Caenorhabditis elegans ,  細胞特異的プロモーター ,  体積画像 ,  細胞位置のための大規模データセット ,  生物資源 ,  計算方法 ,  全脳活動イメージング

分類 (4件)： 中枢神経系  (EJ12030F) ,  個生態学  (EE03020H) ,  生体の顕微鏡観察法  (EA03050C) ,  神経系一般  (EJ12010J)

引用文献 (41件)：

• Dev Biol; Post-embryonic cell lineages of the nematode, Caenorhabditis elegans; JE Sulston, HR Horvitz; 56; 1977; 110-156; 10.1016/0012-1606(77)90158-0; citation_id=CR1
• Dev Biol; The embryonic cell lineage of the nematode Caenorhabditis elegans; JE Sulston, E Schierenberg, JG White, JN Thomson; 100; 1983; 64-119; 10.1016/0012-1606(83)90201-4; citation_id=CR2
• White JG, et al. The structure of the nervous system of the nematode Caenorhabditis elegans. Philos Trans R Soc B Biol Sci. 1986;314(1165):1-340. https://doi.org/10.1098/rstb.1986.0056.
• Nat Methods; Brain-wide 3D imaging of neuronal activity in Caenorhabditis elegans with sculpted light; T Schrödel, R Prevedel, K Aumayr, M Zimmer, A Vaziri; 10; 2013; 1013-1020; 10.1038/nmeth.2637; citation_id=CR4
• Nat Methods; Simultaneous whole-animal 3D imaging of neuronal activity using light-field microscopy; R Prevedel, Y-G Yoon, M Hoffmann, N Pak, G Wetzstein, S Kato, T Schrödel, R Raskar, M Zimmer, ES Boyden, A Vaziri; 11; 2014; 727-730; 10.1038/nmeth.2964; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (7件)： ニューロン ,  IDデータ ,  脳 ,  活性 ,  イメージング ,  アノテーション ,  促進