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J-GLOBAL ID：202003002997715280

単一生物単位の配列情報の新規処理法

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Inventor： 有川 浩司 ,  細川 正人 ,  竹山 春子 ,  小川 雅人 ,  井手 圭吾
Applicant, Patent owner： bitBiome株式会社
Agent (6)： 山本 秀策 ,  森下 夏樹 ,  ▲駒▼谷 剛志 ,  飯田 貴敏 ,  石川 大輔 ,  山本 健策
Gazette classification：特許公報
Application number (International application number)：2020018906
Patent number：6744648
Application date： Feb. 06, 2020
Summary：

【課題】微生物ゲノムデータ自動的構築・提供システムを提供する。 【解決手段】単一生物単位の配列情報を処理する方法であって、該方法は: (A)複数の単一(single)生物単位(例えば、細胞)のゲノム(または同等の遺伝子集合)の部分配列情報(スライドでは、SAG)について、生物系統同定用配列(16S rRNAまたはマーカー遺伝子)に基づいて、同一系統ごとにクラスター化するステップと、(B)必要に応じて、データベース中の該単一生物単位のゲノムの情報と照合するステップとを含む方法。 【選択図】なし

Claim (excerpt)：

【請求項1】 単一(single)生物単位の配列情報の処理をコンピュータに実行させる指令を発する方法であって、該指令を受けた該コンピュータは: (A)複数の単一生物単位の配列情報の部分配列情報について、生物系統同定用配列に基づいて、同一系統ごとにクラスター化するステップと、 (D)(A)により得られたクラスター内の複数の単一生物単位の配列情報の部分配列情報を、所定の判断基準に基づいて高品質のものから順位付けするステップと、 (E)該順位付けに基づいて、高順位のものから、該複数の単一生物単位の配列情報の部分配列情報のうち所定の数の集合を選択して、該部分配列情報から該部分配列情報より大きな長さのドラフトを構築するステップと、 (E’)該集合とは異なる数の単一生物単位の配列情報の部分配列情報のセットの集合を選択して、該部分配列情報から該部分配列情報より大きな長さのドラフトを構築し、それまでに生成したドラフトを、所定の判断基準に基づいて選択するステップと を実行する、方法。

IPC (1)：

G16B 30/20 ( 201 9.01)

FI (1)：

G16B 30/20

Patent cited by the Patent：

Cited by examiner (2)

• 核酸塩基配列のアセンブル方法及びアセンブル装置
  Gazette classification：公開公報   Application number：特願2001-353640   Applicant：株式会社日立製作所
• cDNA配列をゲノム配列にマッピングする方法
  Gazette classification：公開公報   Application number：特願2003-423065   Applicant：株式会社日立製作所

Article cited by the Patent：

Cited by examiner (1)

• Obtaining high-quality draft genomes from uncultured microbes by cleaning and co-assembly of single-